抗原的基本性質(zhì)具有異物性、大分子性和特異性。異物性是指進(jìn)入機(jī)體組織內(nèi)的抗原物質(zhì)，必須與該機(jī)體組織細(xì)胞的成分不相同。抗原一般是指進(jìn)入機(jī)體內(nèi)的外來(lái)物質(zhì)，如細(xì)菌、病毒、花粉等；抗原也可以是不同物種間的物質(zhì)，如馬的血清進(jìn)入兔子的體內(nèi)，馬血清中的許多蛋白質(zhì)就成為兔子的抗原物質(zhì)；同種異體間的物質(zhì)也可以成為抗原，如血型、移植免疫等；自體內(nèi)的某些隔絕成分也可以成為抗原，如眼睛水晶體蛋白質(zhì)、精細(xì)胞、甲狀腺球蛋白等，在正常情況下，是固定在機(jī)體的某一部位，與產(chǎn)生抗體的細(xì)胞相隔絕，因此不會(huì)引起自體產(chǎn)生抗體。但當(dāng)受到外傷或感染，這些成分進(jìn)入血液時(shí)，就像異物一樣也能引起自體產(chǎn)生抗體，這些對(duì)自體具有抗原性的物質(zhì)稱為自身抗原，所產(chǎn)生的抗體稱為自身抗體。由于自身抗體與自身抗原發(fā)生反應(yīng)，于是就引起自身免疫疾病，如過敏性眼炎、甲狀腺炎等。機(jī)體其它自身組織的蛋白可因電離輻射、燒傷、某些化學(xué)藥品和某些微生物等理化和生物因素的作用發(fā)生變性時(shí)，也可成為自身抗原，引起自身免疫疾病，如紅斑狼瘡病、白細(xì)胞減少病、慢性肝炎等。大分子性是指構(gòu)成抗原的物質(zhì)通常是相對(duì)分子質(zhì)量大于0000的大分子物質(zhì)，分子量越大，抗原性越強(qiáng)。絕大多數(shù)蛋白質(zhì)都是很好的抗原。為什么抗原物質(zhì)都是大分子物質(zhì)呢？這是因?yàn)榇蠓肿游镔|(zhì)能夠較長(zhǎng)時(shí)間停留在機(jī)體內(nèi)，有足夠的時(shí)間和免疫細(xì)胞（主要是巨噬細(xì)胞、T淋巴細(xì)胞和B淋巴細(xì)胞）接觸，引起免疫細(xì)胞作出反應(yīng)。如果外來(lái)物質(zhì)是小分子物質(zhì)，將很快被機(jī)體排出體外，沒有機(jī)會(huì)與免疫細(xì)胞接觸，如大分子蛋白質(zhì)經(jīng)水解后成為小分子物質(zhì)，就失了抗原性。特異性是指一種抗原只能與相應(yīng)的抗體或效應(yīng)T細(xì)胞發(fā)生特異性結(jié)合。抗原的特異性是由分子表面的特定化學(xué)基團(tuán)所決定的，這些化學(xué)基團(tuán)稱為抗原決定簇。抗原以抗原決定簇與相應(yīng)淋巴細(xì)胞的抗原受體結(jié)合而激活淋巴細(xì)胞引起免疫應(yīng)答。換言之，淋巴細(xì)胞表面的抗原識(shí)別受體通過識(shí)別抗原決定簇而區(qū)分“自身”與“異己”。抗原也是以抗原決定簇與相應(yīng)抗體特異性結(jié)合而發(fā)生反應(yīng)的。因此，抗原決定簇是免疫應(yīng)答和免疫反應(yīng)具有特異性的物質(zhì)基礎(chǔ)。